вопросительный What is it или what it is

Правильно будет What is it?

What is it? — это вопрос: «Что это?» или «Что это такое?»

Примеры:

What is it?
Что это?

I found something strange. What is it?
Я нашёл что-то странное. Что это?

А вот what it is — это не обычный самостоятельный вопрос. Это порядок слов для утвердительной части или косвенного вопроса.

Например:

I don’t know what it is.
Я не знаю, что это такое.

Can you tell me what it is?
Можешь сказать мне, что это такое?

Разница такая:

What is it? — прямой вопрос.
what it is — часть предложения, косвенный вопрос или утверждение.

Сравните:

What is it?
Что это?

Tell me what it is.
Скажи мне, что это.

Поэтому, если нужно просто спросить «Что это?», надо говорить:

What is it?