Их нужно было внести на счет за первое полугодие. Сколько грамматических основ в этом предложении?

Одна.

Это безличное предложение с составным сказуемым «нужно было внести». Подлежащего нет.
«Их» — дополнение (винительный падеж), «на счёт» — обстоятельство/дополнение, «за первое полугодие» — обстоятельство времени. Грамматическая основа одна: безличное сказуемое «нужно было внести».