Какой корень в словах "ступеньки" и "ступень"?

В словах «ступеньки» и «ступень» корень один и тот же: ступень-.

Разберём:

ступень

• корень: ступень

• окончание: нулевое

ступеньки

• корень: ступень

• суффикс: -к-

• окончание: -и

Слово «ступеньки» образовано от слова «ступень» с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -к-:
ступень → ступенька → ступеньки.

Поэтому правильный ответ: корень в обоих словах — ступень-.