Как пишется слово "синий" или "синей" в предложении: "Заросли их были похожи на маленькие озёра с густой сине(и)й водой"?

В данном предложении правильно будет использовать форму "синей". Причина в том, что слово "синей" в данном контексте выполняет роль прилагательного в творительном падеже. В русском языке прилагательные в творительном падеже женского рода, как в этом случае (вода — существительное женского рода), склоняются с окончанием "-ей".

Заросли их были похожи на маленькие озёра с густой синей водой.