Вот ключевые причины, по которым виды становятся редкими (часто они действуют одновременно):

Потеря и фрагментация мест обитания

Вырубка лесов, распашка степей, урбанизация, дороги, дренаж болот, плотины и изменение режима пожаров «режут» экосистемы на мелкие куски. Небольшие изолированные пятна природы поддерживают мало особей и легко «выгорают» при любых потрясениях.

Чрезмерное изъятие из природы

Охота, браконьерство, торговля дикими животными и растениями, сбор лекарственного сырья, интенсивное рыболовство (включая прилов) — всё это напрямую сокращает численность, иногда быстрее, чем вид успевает размножаться.

Инвазивные виды, болезни и новые хищники

Завезённые кошки, крысы, свиньи, хищные рыбы, агрессивные растения вытесняют местные виды, поедают их яйца и семена или переносят незнакомые болезни (например, грибковые инфекции у амфибий).

Загрязнение

Пестициды, тяжёлые металлы, пластик и микропластик, нефтеразливы, кислотные дожди и эвтрофикация водоёмов ухудшают среду обитания, накапливаются в пищевых цепях и снижают выживаемость и репродуктивный успех.

Изменение климата

Сдвигаются климатические зоны и сезоны: виды не успевают «переехать» или подстроить жизненный цикл (несовпадение цветения и активности опылителей, наводнения/засухи, тепловые волны, таяние льда, кислотification океана для кораллов).

Узкая специализация и эндемизм

Виды, зависимые от редких условий (определённой почвы, одного-двух кормовых растений, конкретного опылителя) или живущие на маленькой территории (остров, единственная долина), изначально уязвимы и легко становятся редкими при малейших изменениях.

Медленные жизненные стратегии

Крупные и долгоживущие организмы (некоторые деревья, акулы, носороги) поздно созревают и приносят мало потомства. Их популяции восстанавливаются годами и десятилетиями, поэтому любое дополнительное давление быстро делает их редкими.

Разрыв миграционных путей и барьеры

Плотины, заборы, ЛЭП, турбины, прозрачные фасады, линии транспорта мешают миграциям, добавляют смертность и делают «пустыми» целые участки ареала.

Малые популяции и генетические проблемы

Когда особей мало, срабатывают инбридинг и «эффект Аллее» (сложно найти партнёра, защититься, охотиться). Демографическая и экологическая случайность (неурожай, один шторм, пожар) способна обрушить такую популяцию.

Нарушение экосистемных связей

Исчезновение опылителей, рассевателей семян или верхних хищников запускает трофические каскады: меняется вся система, и зависимые виды быстро редеют.

Конфликты с человеком

Хищников отстреливают из-за нападений на скот, травят «вредителей», срезают «сорняки» — целевые и «побочные» виды сокращаются.

Экономические и культурные стимулы

Высокая цена на мех, кость, редкую древесину, комнатные растения или «лекарственные» ингредиенты поддерживает нелегальный сбор и торговлю, ускоряя вымирание.

Итого: редкость — это почти всегда результат комбинации факторов, где человеческое воздействие (прямое или косвенное) усиливает природные уязвимости вида.