Какой орган растения растёт вниз?

Вниз у растения растёт корень.

Если точнее: у проростка при прорастании семени первым появляется зародышевый корешок, и он направляется в почву. Это происходит потому, что корни обладают положительным геотропизмом (гравитропизмом) — то есть растут по направлению силы тяжести, “вниз”. Так корень закрепляет растение и начинает добывать воду и минеральные соли.

Для сравнения: побег (стебель с листьями) обычно растёт в противоположную сторону — вверх, проявляя отрицательный геотропизм.