Почему умер Васко да Гама

Коротко: Васко да Гама умер от «лихорадки», почти наверняка малярии, подхваченной в Индии.

Чуть подробнее. В 1524 году его снова отправили в Индию — уже не как первооткрывателя, а как вице-короля Португальской Индии с задачей навести порядок в колониальной администрации. Флотилия прибыла в Го осенью 1524-го. В условиях тропиков — вода, москиты, болезни — он вскоре серьезно заболел. Источники того времени расплывчато пишут о «жаровой болезни»; по контексту и частоте таких диагнозов у европейцев в Индии речь почти наверняка о малярии (тогда её просто называли fever, «лихорадка»). 24 декабря 1524 года да Гама умер в Кочине (ныне Кочи, штат Керала), где его сначала и похоронили; позже останки перевезли в Португалию.

Итого: причина смерти — тропическая лихорадка, преимущественно считающаяся малярией, полученной на его третьем индийском походе.