Что является основным источником нагревания атмосферы?

Короткий ответ: атмосфера нагревается главным образом снизу — от земной поверхности.

Чуть подробней. Солнечная радиация в основном проходит через воздух и нагревает сушу и океан. Уже нагретая поверхность излучает тепловое (длинноволновое, инфракрасное) излучение вверх, и его поглощают парниковые газы (водяной пар, CO₂ и др.). Это и есть основной вклад в нагрев атмосферы. Дополняют картину турбулентный перенос «чувствительного» тепла от поверхности и скрытая теплота конденсации влаги при образовании облаков, а прямое поглощение солнечных лучей в воздухе (озоном, аэрозолями) — вторично. Поэтому говорят: атмосфера получает основное тепло от поверхности Земли, нагретой Солнцем.