Как будет "да" на немецком языке?

Короткий ответ: «да» по-немецки — ja (произношение: [я]).

Чуть шире по употреблению:

• ja — обычное «да» во всех нейтральных ситуациях.
  — Kommst du mit? — Ja. («Пойдёшь с нами?» — «Да».)

• doch — «да» в смысле «наоборот!», чтобы опровергнуть отрицание собеседника.
  — Du kommst nicht? — Doch! («Ты не придёшь?» — «Ещё как приду!»)

• jawohl — подчёркнуто вежливое/торжественное «так точно», иногда звучит по-военному; в быту редко.
  — Verstanden? — Jawohl! («Поняли?» — «Так точно!»)

• Разговорные варианты: jo, jau — в отдельных регионах как неформальное «ага/да».

Пара нюансов:

• Пишется с маленькой буквы: ja.

• В качестве утвердительной реакции также встречаются genau («именно») или klar («конечно»), но это уже не «слово “да”», а смысловые варианты согласия.