Кто и почему был недоволен правлением Годунова?

Коротко: против Бориса Годунова оказалось почти всё общество — но у каждого слоя были свои причины.

Боярская знать (Романовы, Шуйские и др.)
Не признавали «выборного» царя без рода Рюриковичей. Ревновали к его стремительному возвышению, клановой политике и опоре на «выслуженцев». Опалы, ссылки и стеснение боярского влияния (дело Романовых, постриг Фёдора Никитича в монахи — будущего Филарета) усиливали вражду. Легитимность Годунова подрывали и устойчивые слухи, что он причастен к гибели царевича Дмитрия (Углич, 1591).

Дворяне-служилые люди
Формально Годунов их поддерживал, усиливая зависимость крестьян (указ 1597 г. об «урочных летах», сыск беглых), но в реальности кризис начала XVII в. ударил и по служилым: задержки жалованья, хозяйственный упадок, разорение поместий. Недовольство росло из-за жёсткой дисциплины и централизации.

Крестьяне
Главные пострадавшие от закрепощения: фактическая отмена свободного перехода, сыск беглых, расширение кабалы. На это наложился чудовищный голод 1601–1603 гг. (неурожаи, резкий рост цен). Власть открывала царские амбары и раздавала хлеб, но масштаба помощи не хватало, начались массовые побеги, разбой, восстания.

Посадские люди (горожане)
Их душили цены и перебои с хлебом во время голода, повинности и налоги, ограничения на уход «в люди». Торговля падала, ремесло хирело — раздражение на власть росло.

Казаки, беглые, «вольные люди»
Жёсткий сыск и преследование беглых толкали их в степь и к казачьим кругам. Оттуда рождалась вооружённая оппозиция: поддержка Лжедмитрия I в 1604 г., участие в восстаниях (в т. ч. отряд Хлопка Косолапа в 1603 г.).

Часть духовенства и «люди чести»
Патриарх Иов был Годунову лоялен, но вмешательство светской власти в церковные дела и карательная политика против оппозиции тоже порождали тихое недовольство. Слухи о «царе-незаконнике» в приходской среде разносились быстро.

Широкие массы
Голод, эпидемии, безработица, разорение и слух о чудесном спасении «настоящего царевича» сделали фигуру Годунова символом бед. Психологически общество склонялось верить претенденту, потому что «свой» царь должен быть из «правильной» династии, а у Годунова — ни древнего рода, ни побед везения.

Итог
Недовольство было многофакторным: слабая легитимность и придворные репрессии сверху, закрепощение и голод снизу, плюс экономический кризис. Эти линии сложились в единый фронт против Годунова и обеспечили успех первому самозванцу, запустив Смуту.