Какой корень в слове "происхождение"?

В слове "происхождение" корень — "ход".

Разберём слово по составу:

• приставка: про-

• приставка: ис-

• корень: ход

• суффикс: жд (входит в состав чередующегося корня "хож/ход/хожд/хожден")

• суффикс: ени

• окончание: е

Это слово образовано от глагола происходить. В нём тоже прослеживается тот же корень ход, который имеет значение движения, процесса.

Таким образом, корень слова "происхождение" — "ход", с чередованием, характерным для глаголов движения и производных от них слов.