НЕ в приставке и в корне в словах (не)взгоды

В слове «невзгоды» приставка НЕ- действительно входит в состав слова, и её роль в слове нужно разобрать подробнее.

Разберём слово по составу:
не-в-згода-ы

1. НЕ — это приставка.

Она придаёт слову отрицательное значение. Без приставки не существительное взгоды (в значении "благополучие", "удачи") уже не употребляется в современном языке как отдельное слово, но его можно восстановить по аналогии с антонимом. Таким образом, невзгоды — это "неудачи, трудности, отсутствие взгод".

2. В — тоже приставка.

Это довольно редкий случай, но в русском языке бывают сложные приставки, состоящие из двух частей — как здесь: не-в-. Приставка в- усиливает или изменяет значение корня. В данном случае она помогает образовать существительное от глагольной основы или абстрактного понятия.

3. ЗГОД — это корень.

Он связан с идеей "согласия", "ладности", "порядка". От этого корня происходят слова вроде «согласие», «сгодиться», «согласный».

4. -А — суффикс.

5. -Ы — окончание (множественное число).

Итак, в слове невзгоды приставка не- есть, и она не является частью корня, а отдельный морф (часть слова). Корень — -згод-.