Над Серёж..ю ою или ею

Правильно: над Серёжею (чаще в нейтральной речи — над Серёжей).

Почему так:

• После предлога над нужен творительный падеж.

• Имя Серёжа — 1-е склонение; у существительных на шипящий (ж, ш, ч, щ) в творительном ед. числа возможны два варианта: -ей (разговорно-нейтральное) и книжное -ею.

• Формы: Серёжей и Серёжею. В вашем выборе между -ою и -ею верна -ею.

Примеры по аналогии: дачей / дачею, площадью / площадью (здесь только -ью), Пашей / Пашею.