Как пишется правильно: "колыш...т"? Скажите, пожалуйста.

Правильно: «колышет».

Объяснение простое. Начальная форма — колыхать (на -ать), это глагол I спряжения, поэтому в 3-ем лице ед. числа ставится окончание -ет:
он (ветер) колышет траву.

Форма «колышит» — ошибочная (так пишут глаголы II спряжения, а «колыхать» к нему не относится).

Ударение обычно на второй слог: колЫшет.