"Вот именно что я была в городе". Нужна ли запятая после "вот именно"?

Да, запятая после «вот именно» в таком предложении нужна:

Вот именно, что я была в городе.

Здесь «вот именно» выступает как присоединительное, уточняющее выражение со значением подтверждения: да, именно это и важно / именно в этом дело. После него делается интонационная пауза, поэтому ставится запятая.

Сравните:

Вот именно, что я была в городе, а не за городом.
То есть смысл такой: дело именно в том, что я была в городе.

Однако важно заметить, что сама конструкция «вот именно, что…» разговорная. В более нейтральной письменной речи лучше было бы сказать:

Дело именно в том, что я была в городе.
Вот именно: я была в городе.
Именно что я была в городе.

Если фраза звучит как самостоятельная реплика, возможен вариант с двоеточием:

Вот именно: я была в городе.

Но в предложении именно с союзом «что» запятая после «вот именно» уместна и нужна.