молнии не столько вспыхивали, сколько трепетали.
. ПОЧЕМУ ЗАПЯТАЯ?

Запятая ставится перед «сколько», потому что это вторая часть двойного сопоставительного союза:

не столько…, сколько…

Он выражает сопоставление двух действий или признаков: первое как бы отодвигается на второй план, а второе признаётся более точным, главным.

Молнии не столько вспыхивали, сколько трепетали.

То есть автор хочет сказать: молнии, конечно, вспыхивали, но их свет воспринимался скорее как дрожащий, трепещущий.

Здесь «вспыхивали» и «трепетали» — однородные сказуемые, соединённые не одиночным союзом, а составной конструкцией «не столько…, сколько…». Перед второй её частью ставится запятая.

Сравните:

Он не столько сердился, сколько волновался.
Ребёнок не столько плакал, сколько капризничал.
Ветер не столько дул, сколько стонал.