Как правильно написать: «цветы пахнут» и «луга»?

Правильно: «Цветы пахнут на лугах» или «На лугах пахнут цветы».

Слово «луга» обозначает несколько лугов и отвечает на вопрос что?: зелёные луга. После предлога «на», когда речь идёт о месте, нужна форма «на лугах»: где пахнут цветы? — на лугах.

Фраза «Цветы пахнут и луга» построена неправильно. Союз «и» здесь не нужен. Если же подразумевается, что пахнут и цветы, и сами луга, можно написать: «Цветы и луга благоухают».