Слова «фауна» и «флора» пишутся с большой буквы?

Нет, слова «фауна» и «флора» не пишутся с большой буквы, если речь идёт о них в общем значении, то есть о совокупности животных и растений определённой местности или природы в целом. Например:

• «Фауна Амазонии очень разнообразна».

• «Флора этого региона включает редкие виды растений».

Большая буква используется только в том случае, если слово является началом предложения или частью официального названия, например:

• «Флора и фауна России изучаются в научных институтах».

• «Экспозиция «Флора и фауна Земли» открылась в музее».

То есть сама по себе лексема «флора» или «фауна» внутри текста с маленькой буквы, а заглавная нужна только в начале предложения или в названиях.