Как правильно Is it a rabbit. или It is a rabbit.

Оба варианта правильные, но используются в разных случаях.

It is a rabbit. — это утвердительное предложение.
Перевод: Это кролик.

Пример:
— What is it?
— It is a rabbit.

Is it a rabbit? — это вопросительное предложение.
Перевод: Это кролик?

Пример:
— Is it a rabbit or a hare?
— It is a rabbit.

То есть разница такая:

• It is a rabbit. — когда вы сообщаете что-то.

• Is it a rabbit? — когда вы спрашиваете.

Если говорить о порядке слов, в английском языке:

• в утверждении: It is ...

• в вопросе: Is it ... ?

Поэтому нельзя выбирать один вариант как «единственно правильный» без контекста.
Правильно так:

• It is a rabbit. — если это утверждение.

• Is it a rabbit? — если это вопрос.