Может быть, потому что он не в нашем классе? Нужна запятая и где?

В вашем предложении «Может быть, потому что он не в нашем классе?» запятая не нужна.

Объясню почему:

• «Может быть» здесь выступает в роли вводного сочетания, но в современном языке в подобных коротких вопросительных предложениях оно тесно сливается с последующей частью и воспринимается как цельное выражение «возможно».

• Если бы предложение было длиннее и имело более сложную структуру, тогда запятая могла бы понадобиться: например, «Может быть, он не пришёл, потому что не в нашем классе?» — тут вводное «может быть» обособляется.

В вашем же коротком вопросе пауза не требуется, поэтому правильно будет без запятой.

? Итог: «Может быть потому что он не в нашем классе?» — верно именно так, без запятой.