Я увидел(1) должно быть(2) в самом зените, на немыслимой высоте, далеко за пределами земной атмосферы, какую-то серебристую... (где поставить запятые и объясните почему)

Правильно:

Я увидел, должно быть, в самом зените, на немыслимой высоте, далеко за пределами земной атмосферы, какую-то серебристую...

Запятые ставятся в обоих местах:

(1) — запятая нужна
(2) — запятая нужна

Объяснение: сочетание «должно быть» здесь является вводным словосочетанием со значением предположения: наверное, вероятно, по-видимому.

То есть смысл такой:

Я увидел, вероятно, в самом зените... какую-то серебристую...

Вводные слова и сочетания не являются членами предложения и на письме выделяются запятыми с двух сторон.

Сравним:

Я увидел, должно быть, какую-то серебристую точку.
Здесь «должно быть» = вероятно, поэтому выделяется запятыми.

Не надо путать с другим употреблением, где «должно быть» является частью сказуемого:

Это должно быть сделано сегодня.

Там «должно быть сделано» — сказуемое, запятые не нужны. Но в данном предложении после «должно быть» нет слова, с которым оно образует сказуемое; оно только выражает предположение говорящего.

Также в предложении уже стоят запятые после обстоятельств:

в самом зените, на немыслимой высоте, далеко за пределами земной атмосферы

Эти обороты уточняют место: где именно было увидено нечто серебристое. Они идут цепочкой уточнений и поэтому отделяются запятыми.

Итог:

Я увидел, должно быть, в самом зените, на немыслимой высоте, далеко за пределами земной атмосферы, какую-то серебристую...

Ответ: запятые нужны на местах 1 и 2.