Какое окончание в слове «география»?

В слове «география» окончание — -я.

Разберём по падежам, чтобы это было видно:

география — именительный падеж: окончание -я
географии — родительный падеж: окончание -и
географию — винительный падеж: окончание -ю
географией — творительный падеж: окончание -ей

Та часть слова, которая меняется при склонении, и является окончанием. Значит, в начальной форме «география» окончание — -я.

Основа слова: географи-.