Как называются HOOC-CH3-CH(NH3)-COOH и CH3-CH(NH3)-COOH?

Вторая формула CH₃–CH(NH₃)–COOH почти наверняка записана как аминокислота аланин.

Точнее, в ней есть небольшая неточность: в нейтральной структурной формуле аминогруппа обычно пишется как NH₂, то есть:

CH₃–CH(NH₂)–COOH

Это аланин, систематическое название — 2-аминопропановая кислота.

Если же записано NH₃⁺, то это уже протонированная форма аминогруппы, характерная для аминокислот в виде цвиттер-иона:

CH₃–CH(NH₃⁺)–COO⁻

Это всё равно форма аланина.

Первая формула HOOC–CH₃–CH(NH₃)–COOH записана некорректно с точки зрения валентности: фрагмент –CH₃– не может стоять внутри цепи между двумя группами, потому что углерод CH₃ имеет только одну свободную связь с остальной молекулой. Скорее всего, там имелось в виду:

HOOC–CH₂–CH(NH₂)–COOH

или в протонированной форме:

HOOC–CH₂–CH(NH₃⁺)–COOH

Такое вещество называется аспарагиновая кислота, или аспартат в ионной форме. Систематическое название — 2-аминобутандиовая кислота.

Итого:

CH₃–CH(NH₂)–COOH — аланин, 2-аминопропановая кислота.

HOOC–CH₂–CH(NH₂)–COOH — аспарагиновая кислота, 2-аминобутандиовая кислота.

А запись HOOC–CH₃–CH(NH₃)–COOH в таком виде лучше считать ошибочной; правильнее было бы HOOC–CH₂–CH(NH₂)–COOH или с NH₃⁺ для протонированной формы.