Корень в слове "грохочет"

Корень: ГРОХОЧ-.

Объяснение. Слово грохочет (3-е л., ед. ч., наст. вр. от грохотать) образовано от существительного грохот. В этой словообразовательной семье наблюдается чередование т ~ ч в корне:
грохот — грохоч-ет, грохоч-ут, грохоч-а. Поэтому в форме грохочет корень выделяется как грохоч-, а личное окончание — -ет.

Однокоренные слова для проверки: грохот, грохотать, грохочущий, грохотный, грохотом.