Ниже — удобная «карта местности» по источникам биологической информации, с краткими пояснениями и примерами форматов (без ссылок).

По степени первичности

• Первичные источники — оригинальные результаты: статьи с данными экспериментов/наблюдений, препринты, диссертации, протоколы экспериментов, полевые журналы, отчёты экспедиций, записи бионаблюдений (фото, аудио, GPS-треки).

• Вторичные — переработка первичных: обзоры, мета-анализы, систематические обзоры, учебные и монографические обобщения.

• Третичные — справочные выжимки: энциклопедии, справочники, учебники для базового уровня, словари терминов.

По природе данных

• Экспериментальные: результаты «wet lab» (молекулярная биология, физиология, биохимия), «dry lab» и in silico (моделирование, докинг, эволюционные модели).

• Наблюдательные: полевые дневники, фаунистические и флористические сводки, мониторинг популяций, фото- и видеофиксация, биоакустика.

• Омика: геномика/транскриптомика/протеомика/метагеномика/метаболомика (сырые риды, выравнивания, таблицы экспрессии, вариант-коллы).

• Биоразнообразие и экология: чек-листы видов, данные меток и трекинга, дистанционное зондирование (спутниковые ряды, индекс NDVI и пр.).

• Клинические/биомедицинские: регистры клинических испытаний, кейс-репорты, электронные истории болезни (де-идентифицированные), фармаконадзор.

• Коллекционные: музейные и гербарные фонды (этикетки образцов, изображения, ДНК-штрихкоды).

• Технические/методические: протоколы, SOP, методические указания, стандарты отчётности (MIAME, CONSORT и др.).

• Патентные: патентные заявки и описания биотехнологических изобретений.

По носителю и форме представления

• Научная периодика: рецензируемые журнальные статьи, краткие сообщения, обзоры, обзоры по приглашению, комментарии, «data papers».

• Препринты: рукописи до рецензирования (важны для скорости, но требуют критичности).

• Книги и главы: учебники, монографии, полевые определители, атласы.

• Материалы конференций: тезисы, доклады, постеры, видеозаписи лекций.

• Отчёты организаций: госучреждения, НИИ, НКО, международные консорциумы; часто содержат крупные наборы данных и методики.

• Онлайн-базы данных и знаниевые ресурсы:

  • последовательности, геномы, варианты, экспрессия (репозитории «сырых» данных и обработанные матрицы);

  • белковые базы (характеристики, домены, взаимодействия);

  • метаболические пути и сети;

  • таксономические реестры и контрольные списки;

  • онтологии и контролируемые словари терминов.

• Репозитории данных и кода: архивы наборов данных, рабочие тетради (ELN), репозитории вычислительных пайплайнов и скриптов.

• Гражданская наука: платформы наблюдений (фото/аудио с верификацией сообществом), проекты кольцевания и учёта.

• Медиа-ресурсы: биоизображения (микрофотографии, томография), видео поведения, аудио (песни птиц, эхолокация).

• Справочные сервисы: конверторы идентификаторов, аннотаторы, «gene/protein cards», агрегаторы литературы.

По степени обработки и курации

• Сырые данные — минимально обработанные (риды секвенирования, необработанные изображения).

• Обработанные — выравнивания, сборки, нормализованные матрицы, аннотации.

• Курируемые — вручную проверенные экспертами (референс-аннотации генов, таксономические статусы).

• Агрегированные/мета-ресурсы — сводят данные из множества источников, выравнивают идентификаторы и термины.

По доступности и устойчивости

• Открытый доступ (Open Access) vs по подписке.

• Долговременные архивы (с политиками сохранности, DOI) vs временные сайты/блоги.

• Версионируемые (выпуски, релизы, фиксированные цитируемые версии) vs живые (часто обновляемые записи).

По назначению

• Поисковые и навигационные: поисковики литературы, индексы цитирования, рекомендательные системы.

• Верификация/идентификация: определители видов, ключи, штрихкодирование ДНК, эталоны изображений/аудио.

• Аналитические: платформы визуализации и анализа (вычислительные панели, веб-инструменты), модели распределения видов, сетевой анализ взаимодействий.

• Учебные: курсы, MOOCs, лекционные конспекты, виртуальные коллекции.

Иерархия доверия (практический взгляд)

1. Курируемые базы и рецензируемые оригинальные исследования.

2. Систематические обзоры и мета-анализы.

3. Качественные вторичные обзоры и монографии.

4. Препринты и материалы конференций (полезно, но критично читать).

5. Некурируемые сайты, блоги, популярные статьи — только как отправная точка.

Как правильно цитировать и использовать

• Указывать тип источника (статья, база данных, набор данных, протокол), авторов/консорциум, год/версию, идентификатор (DOI/accession), дату доступа для динамичных ресурсов.

• Проверять согласованность таксономии и версий аннотаций.

• Для воспроизводимости — сохранять точные версии данных/кода и фиксировать параметры анализа.

Эта схема охватывает основные виды источников биологической информации и помогает быстро сориентироваться, где искать данные, методы и надёжные сводки.