Как биолог по образованию, я бы условно разделил методы на несколько крупных блоков — от «классики» наблюдений до современных омics-технологий и вычислительной биологии. Коротко и по делу:

Наблюдение и описание

• Наблюдение (полевое, лабораторное): фиксация фактов без вмешательства. В экологии — учет численности, фенология; в этологии — поведенческие этюды.

• Сравнительный метод: сопоставление видов/популяций/органов для вывода об эволюционных связях и функциях.

• Морфологические методы: анатомический разбор, морфометрия, микрометрия.

Эксперимент

• Классический лабораторный эксперимент: контроль/опыт, рандомизация, слепые/двойные слепые схемы, репликации.

• Полевые эксперименты: манипуляции в природных условиях (пример: удаление хищников/ресурсов и оценка отклика сообщества).

Микроскопия и гистология

• Световая микроскопия: светлопольная, фазово-контрастная, дифференциально-интерференционная.

• Флуоресцентная/конфокальная/двухфотонная: локализация молекул, 3D-реконструкция, live-cell imaging.

• Электронная микроскопия: ТЭМ/СЭМ для ультраструктуры.

• Гистологические окраски: Гематоксилин-эозин, Грам, специфические маркеры; иммуногистохимия (IHC).

Клеточная биология и физиология

• Клеточные культуры и органоиды: 2D/3D-модели, коко-культуры.

• Цитометрия потока и FACS: фенотипирование и сортировка клеток по маркерам.

• Электрофизиология: patch-clamp, регистрация потенциалов действия.

• FRAP/FRET, тракеры Ca²⁺: динамика белков и сигналинга в живых клетках.

Биохимия и биофизика

• Спектрофотометрия/флуориметрия: кинетика ферментов, концентрации метаболитов.

• Хроматография: тонкослойная (TLC), газовая (GC), жидкостная (HPLC/UPLC).

• Электрофорез: PAGE, SDS-PAGE; изоэлектрическое фокусирование.

• Масс-спектрометрия: протеомика/метаболомика, идентификация и квантификация.

• Ультрацентрифугирование: фракционирование органелл.

• Структурная биология: рентгеноструктурный анализ, ЯМР, крио-ЭМ.

Молекулярная биология и генетика

• Экстракция и анализ нуклеиновых кислот: количественная ПЦР (qPCR), ПЦР в реальном времени.

• Секвенирование: Sanger; секвенирование нового поколения (NGS), включая RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq.

• Геномика/транскриптомика/протеомика/метаболомика (omics).

• Генно-инженерные методы: CRISPR/Cas (нокаут/нокаин, редактирование оснований), трансфекция/трансдукция.

• Блоттинги: Southern/Northern/Western для ДНК/РНК/белков.

• Гибридизация in situ (FISH): локализация генов/транскриптов в клетках и тканях.

• Цитогенетика: карьеротипирование, анализ хромосомных аберраций.

Микробиология и иммунология

• Культуральные методы: посевы, выделение чистых культур, тесты чувствительности к антибиотикам.

• Методы “мета-”: метагеномика, 16S rRNA профилирование микробиоты.

• Иммунологические тесты: ELISA, иммунопреципитация, Western blot, нейтрализационные тесты.

• Серология и проточная цитометрия для иммунного профиля.

Экология, эволюция, поведение

• Учёт и картирование: квадраты, трансекты, ловушки, фотоловушки, дроны.

• Мечение-повторный отлов (mark–recapture): оценки численности и выживаемости.

• Биотелеметрия и GPS-трекеры: перемещения и использование местообитаний.

• Удалённое зондирование (remote sensing): спутниковые данные, NDVI.

• Филогенетический анализ: кладистика, байесовские/максимально-правдоподобные деревья, молекулярные часы.

• Эксперименты по отбору и лабораторная эволюция.

Палеобиология и геохронология

• Стратиграфия и тефрохронология.

• Радиометрическое датирование: C-14, U-Pb и др.

• Палеогеномика: ДНК древних образцов.

Вычислительная биология и биоинформатика

• Анализ последовательностей: выравнивания, поиск мотивов, предсказание структур.

• Сборка геномов и аннотация.

• Сетевой и системный анализ: реконструкция метаболических/сигнальных путей.

• Математическое моделирование: дифференциальные уравнения, стохастические модели, агент-ориентированные симуляции.

• Машинное обучение/AI: классификация клеточных типов, прогноз функций белков, анализ изображений.

Трассерные и изотопные подходы

• Стабильные и радиоактивные изотопы: трекинг потоков вещества и энергии (δ¹³C, δ¹⁵N), авторадиография.

Контроль качества и статистика (методы обоснования выводов)

• Дизайн эксперимента: выборка, мощности, контроль систематик.

• Статистический анализ: параметрические/непараметрические тесты, модели смешанных эффектов, байесовские методы.

• Мета-анализ и систематические обзоры.

Это не исчерпывающий список, но в нём — основные «кирпичики» современной биологии: от наблюдения и микроскопии до CRISPR, omics и моделирования, плюс инструменты статистики, без которых результаты нельзя считать надёжными.