Как правильно ? но главное не в этом или ни в этом

Правильный вариант — "но главное не в этом". Это выражение означает, что самое важное не находится в том, о чём говорилось ранее. В данном случае "не в этом" указывает на то, что суть или основное внимание стоит уделить чему-то другому, отличному от обсуждаемой темы.

Фраза "ни в этом" будет некорректной, потому что "ни" употребляется в отрицательных конструкциях с противопоставлением и в других контекстах, а в данном случае необходима форма "не", чтобы правильно выразить смысл.

Таким образом, правильная форма — "но главное не в этом".