Корень слова непройденный

Корень в слове непройденный — -йд- (чередование -ид-/-й-).

Разбор по составу:

• не- — приставка (отрицательная);

• про- — приставка;

• -йд- — корень (ср.: идти, пройду, пройден);

• -енн- — суффикс страдательного причастия прошедшего времени;

• -ый — окончание.

Важно: буква о в сочетании прой- относится к приставке про-, а не к корню. Слово — страдательное причастие прошедшего времени от глагола пройти.