Корень слова "подоконник"?

Корень — -окон- (от слова «окно»).

Разбор по составу: подо- (приставка) + -окон- (корень) + -ник (суффикс), окончания нет (нулевое). Две «н» в слове появляются из-за стыка корня, оканчивающегося на «н», и суффикса «-ник»: окон + ник → оконник. Возможна чередующаяся форма корня -окн- (ср. «оконный», «окошко»), но в «подоконник» корень реализуется как -окон-.