Почему при скрещивании организмов, принадлежащих к разным видам, оплодотворение происходит очень редко?

Коротко: у разных видов работает система репродуктивной изоляции — набор барьеров, которые мешают половому процессу ещё до образования зиготы. Поэтому даже при «скрещивании» оплодотворение почти не случается.

Что именно мешает:

• Временная и экологическая изоляция. Разные сезоны размножения, разное время суток, разные места обитания. Партнёры редко вообще встречаются в «правильный» момент.

• Поведенческие барьеры. У каждого вида свои брачные сигналы: вокализации, танцы, запахи, «ритуалы». Чужой сигнал не распознаётся, спаривание не запускается или обрывается.

• Механическая несовместимость. Строение половых органов у животных или цветков у растений не совпадает: сперма не попадает куда нужно, пыльца не достигает рыльца, не формируется нормальный половой контакт.

• Гаметическая несовместимость — главная причина редкости именно оплодотворения.
  Видоспецифические белки на поверхности гамет «узнают» только своих: сперматозоид не прикрепляется, не проходит акросомную реакцию, не проникает через оболочки яйцеклетки; у растений пыльцевая трубка не прорастает в ткани чужого вида. Плюс химическая и иммунная среда половых путей самки часто разрушает «чужую» сперму.

• Генетико-хромосомные барьеры. Даже если проникновение случилось, ядра могут не слиться, первые деления зиготы срываются из-за несовместимых наборов хромосом, импринтинга и регуляторных сетей.

Итог: естественный отбор поддерживает эти барьеры, потому что межвидовые комбинации, как правило, нежизнеспособны или бесплодны. Поэтому успешное межвидовое оплодотворение — редкое исключение, а не правило.