Чем объяснить гибель семян в кипяченой воде?

Коротко: кипяток убивает зародыш.

Подробно, что именно происходит с семенем в воде ~100 °C:

1. Денатурация белков и ферментов
   В клетках зародыша масса рабочих белков (включая «пусковые» ферменты прорастания — амилазы, протеазы, дегидрогеназы). При такой температуре их пространственная структура необратимо сворачивается («сваривается»), ферменты теряют активность, метаболизм запустить уже нечем.

2. Разрушение мембран
   Липидные мембраны (плазмалемма, мембраны митохондрий и пластид) при перегреве теряют упорядоченность и становятся дырявыми. Клетки теряют разделение на компартменты, утекают ионы и метаболиты, митохондрии перестают синтезировать АТФ — энергии для прорастания нет.

3. «Горячая имбибиция» = механическая травма
   Семя при намокании быстро набухает (имбибирует воду). Если вода очень горячая, набухание идёт стремительно, а ещё и сами мембраны уже повреждены. Это часто приводит к разрывам оболочек и плазмалеммы, к выходу содержимого клеток и гибели тканей зародыша.

4. Тепловое повреждение ДНК и рибосом
   Стабильность нуклеиновых кислот и рибосом при 100 °C нарушается; у зародыша возникает сочетание разрывов и химических модификаций, из-за чего клетки уже не способны ни читать гены, ни синтезировать белки.

5. Влажное тепло губительнее сухого
   Высокая температура сама по себе опасна, но во влажной среде (кипяток) денатурация белков идёт быстрее, чем при сухом нагреве. Поэтому «обдать кипятком» почти всегда фатально, тогда как сухие семена некоторые виды кратковременно выдерживают и 60–80 °C.

Нюанс: у части твёрдосемянных (акции, гледичии и др.) используют кратковременное ошпаривание — семена на секунды заливают кипятком и сразу дают воде остыть. Это не прогрев «до смерти», а лишь скарификация: размягчение оболочки для доступа воды. Если же удерживать семена в кипящей воде или прогреть их ядро, результат тот же — гибель зародыша.