Как правильнее пишется: "работали на пристани" или "на пристане"?

Правильнее писать "работали на пристани".

Слово "пристань" — это существительное женского рода с основой на мягкий согласный, поэтому в предложном падеже оно принимает окончание -и: на пристани.

Форма "на пристане" — устаревшая или просторечная, и в современном литературном языке считается неправильной. Подобное склонение можно услышать в народной речи или в диалоге для передачи колорита, но в официальных, письменных и стандартных контекстах следует использовать форму "на пристани".

Таким образом, правильно: "Мы работали на пристани".