Какое окончание работал на пристани или на пристане

Правильное окончание — "на пристани".

Это выражение связано с тем, что слово «пристань» обозначает место, расположенное на воде, где обычно причаливают суда. В русском языке существительные, обозначающие места, заканчивающиеся на -и (например, «улица», «площадь», «пристань»), в предложном падеже имеют окончание -и, а не -е.

Поэтому правильная форма будет: «работал на пристани».