Проверочное слово прыгает

Если речь о проверке личного окончания, то проверочное слово — форма 3-го лица множественного числа: «они прыгают». Сопоставляем: он что делает? — прыгает, они что делают? — прыгают. Значит, пишем окончание -ет (глагол 1-го спряжения: «прыгать»).

Если сомнение в согласной в корне, то проверяем по форме с отчётливо слышимым звуком г: «прыгнуть» (чередование г//ж в «прыжок» — это однокоренное, но не проверочное).

По гласным: «ы» в слове пры́гает стоит под ударением и проверки не требует; «а» — это суффикс -а- глаголов на -ать, он пишется по правилу, а не подбирается проверочным словом.

Разбор: прыг- (корень) + -а- (суффикс) + -ет (окончание). Проверочные формы: они прыгают (для окончания), прыгнуть (для согласной «г»).